- Руководитель
Крецул Елена Геннадьевна
- Заместитель руководителя, начальник отдела экономики, финансов, госслужбы и кадров
Аппарат Управления:
- Отдел водного хозяйства и планирования водохозяйственной деятельности
Начальник отдела - Манаков Александр Николаевич
- Отдел регулирования водопользования
Начальник отдела - Бартенева Людмила Сергеевна
- Отдел экономики, финансов, госслужбы и кадров
Территориальные отделы:
- Отдел водных ресурсов по Архангельской области, НАО и Республике Коми
Начальник отдела - Нагибин Сергей Олегович
- Отдел водных ресурсов по Вологодской области
Начальник отдела - Батаков Алексей Прокопьевич
- Отдел водных ресурсов по Мурманской области
Начальник отдела - Меренкова Елена Николаевна
